干燥综合征唾液腺组织的导管上皮细胞作为抗原递呈细胞，促使T、B淋巴细胞增殖，细胞免疫和体液免疫异常反应，导致免疫紊乱，产生相关的免疫球蛋白和自身抗体、免疫复合物，以及IL-1、IL-6、TNF-α等细胞因子、炎症介质，造成唾液腺和泪腺等腺体和组织发生炎症和破坏。
1.体液免疫异常:干燥综合征患者B淋巴细胞数量增多，且高度活跃，产生多种自身抗体和免疫复合物，并导致多克隆高γ球蛋白血症和单克隆免疫球蛋白血症。这种B细胞高度的反应性可以是活化的T细胞所引起的，也可能是B细胞本身异常的结果，B细胞也可以在不受T细胞的促进辅助下增殖。干燥综合征的自身抗体包括诊断特异性的抗SSA和抗SSB抗体、非特异性抗核抗体及高滴度的类风湿因子等。
2.细胞免疫异常：干燥综合征患者的外周血中可出现相对的T淋巴细胞减少症，而外分泌腺中有活化的T辅助/T辅助诱导亚群浸润，显示活化的T细胞增加。NK细胞缺乏，巨噬细胞和NK细胞功能降低。活化的表达HLA-Ⅱ类分子的腺上皮细胞与病毒或自身抗原接触并结合，起着呈递细胞和激活CD4+T细胞的作用。活化的CD4+T细胞及激活的B淋巴细胞可释放大量的细胞因子。